農委會於1989年公告水雉為第Ⅱ級珍貴稀有的保育類動物。十多年前，經調查發現，台灣的水雉族群剩不到50隻，以出現在台南的平原區域的菱角田中為主，水雉已成為族群瀕危的鳥種。由於台灣高速鐵路的規劃路線正好穿越台南的水雉重要棲息地，對水雉造成影響。經此案環評通過的「高速鐵路水雉等保育計畫草案」的結論「應完成15公頃棲地租用事宜後，該路段始得動工」。於是在開發單位、政府保育單位與民間保育社團合作下，共同成立『水雉復育區』，2000年一月開始，委託民間保育社團進行水雉棲地的復育工作，營造適合水雉居住的『浮葉性水生植物池』。2007年，基於復育有成，水雉棲地及族群已呈穩定，且外界對於推展保育教育的需求，將『水雉復育區』改名為「水雉生態教育園區」，推動生態保育教育。